GWAS分析结果为何要关注遗传力的大小

遗传力在GWAS分析结果中的重要性不容忽视。遗传力，即遗传率，衡量的是遗传变异在总变异中所占的比例，用以评估遗传因素对表型影响的大小。遗传力分为广义遗传力和狭义遗传力，数量性状受到环境因素影响较大，表型变异可能由遗传、环境或两者相互作用共同决定。遗传力的高低直接决定了子代表现与亲本表现的相关性。

在GWAS分析中，遗传力通常在结果报告中体现。以GEMMA和GCTA为例，GEMMA中的遗传力为pve estimate，值为0.124，而GCTA则给出了加性方差组分Vg（0.02）和表型方差组分（0.99），进而计算出遗传力为0.02。若遗传力接近0，意味着样本量不足或数据存在问题，或性状本身的遗传力较低，GWAS分析结果可能不可靠。相反，如果遗传力接近1，表明性状可能由少数或单一基因控制，且数据量不足或存在异常值，导致残差方差组分接近0。遗传力很少达到1，但当GWAS结果中遗传力为0.999时，也需警惕，可能结果同样不可靠。

理想的GWAS遗传力结果应与性状的遗传力估计相符，例如身高遗传力约为0.8，产量约为0.2，百粒重约为0.9。如果遗传力结果异常，可能由于加性方差组分或残差方差组分的异常，或是固定因子和随机因子设置不当。此时，可通过GBLUP估计，单独估算方差组分，或检查残差和拟合值的分布，以识别未考虑的梯度效应或其他问题。

了解遗传力在GWAS分析中的意义有助于评估分析结果的可靠性。通过对比遗传力与性状遗传力的预期值，可以初步判断分析结果的合理性。对于遗传力异常的情况，采取针对性的方法进行分析，如调整模型、增加样本量或改善数据质量，以提高分析的准确性。