目前为止有黑衣组织出场的集数

001 云霄飞车杀人事件

013 奇怪的寻人事件

054 电玩公司杀人事件

128 黑暗组织10亿抢劫事件

129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件

176 与黑暗组织的再会(灰原篇)

177 与黑暗组织的再会(柯南篇)

178 与黑暗组织的再会(解决篇)

190 危命的复活 第三个选择

191 危命的复活 黑衣骑士

230 诡密的乘客(上集)

231 诡密的乘客(下集)

253 本厅刑事恋爱物语4(上集)

254 本厅刑事恋爱物语4(下集)

258 来自芝加哥的男子(上集)

259 来自芝加哥的男子(下集)

272 急忙掩饰的忽略(下集)

274 幽灵屋的真相(上集)

277 英语教师VS西部名侦探(上集)

278 英语教师VS西部名侦探(下集)

286 工藤新一纽约事件(事件篇)

287 工藤新一纽约事件(推理篇)

288 工藤新一纽约事件(解决篇)

307 无声的证据(前篇)

308 无声的证据(后篇)

309 同黑暗组织的接触(交涉篇)

310 同黑暗组织的接触(追踪篇)

311 同黑暗组织的接触(决死篇)

338 四辆保时捷(前篇)

339 四辆保时捷(后篇)

340 厕所里隐藏的秘密(前篇)

341 厕所里隐藏的秘密(后篇)

345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案

425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间

462 黑暗组织的影子 年幼的目击者

463 黑暗组织的影子 奇妙的照明

464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬

465 黑暗组织的影子 珍珠的流星

484 黑色照片的去向（前篇）

485 黑色照片的去向（后篇）

491 红与黑的碰撞 开端

492 红与黑的碰撞 血缘

493 红与黑的碰撞 绝叫

494 红与黑的碰撞 冥土

495 红与黑的碰撞 昏睡

496 红与黑的碰撞 侵入

497 红与黑的碰撞 觉醒

498 红与黑的碰撞 搅乱

499 红与黑的碰撞 伪装

500 红与黑的碰撞 遗言

501 红与黑的碰撞 嫌疑

502 红与黑的碰撞 洁白

503 红与黑的碰撞 决死

504 红与黑的碰撞 殉职

509 红白黄色与侦探团