多序列比对构建进化树

在进行系统发育分析时，多序列比对是构建进化树的重要步骤。我们通常利用蛋白质文件进行此过程，因为自然选择在氨基酸水平上发挥作用。蛋白质比对文件随后转换为核酸比对文件，以更全面地理解物种间的亲缘关系，包括那些无功能的同义突变。

完成比对后，结果文件以.raxml.bestTree格式保存。为了将此文件用于系统发育分析，我们需将其后缀更改为.nwk，以适应MEGA软件的输入格式。MEGA是一个强大的生物信息学工具，允许我们可视化并进一步分析进化树。